Thesis: Estudio estructural y energético de la afinidad de unión de inhibidores tipo orto-Aminoanilida en complejo a la Metaloenzima HDAC1 mediante 3D-QSAR, Docking, Dinámica Molecular y cálculos MMPBSA.
| dc.contributor.department | Departamento de Química | |
| dc.contributor.guia | Taborga Morales, Lautaro Liber | |
| dc.contributor.guia | Soto Delgado, Jorge (Universidad Andres Bello) | |
| dc.coverage.spatial | Campus Casa Central Valparaíso | |
| dc.creator | González Higueras, Jorge Francisco | |
| dc.date.accessioned | 2026-06-12T18:40:13Z | |
| dc.date.available | 2026-06-12T18:40:13Z | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.description.abstract | En este trabajo se presenta un estudio de modelado molecular combinado realizado sobre una serie de 39 inhibidores de HDAC1 derivados del compuesto CI-994. Se validaron modelos 3D-QSAR mediante la comparación de dos esquemas principales de alineación: basado en ligando (LB) y guiado por receptor (RG), este último asistido por cristalografía de rayos X. El alineamiento guiado por receptor mediante docking produjo resultados estadísticamente satisfactorios para un modelo CoMFA-SE (q² = 0,560; r²test = 0,8059; r²ncv = 0,949; N = 4). Posteriormente, este alineamiento fue complementado con datos de difracción de rayos X para construir modelos que alcanzaron los siguientes resultados: CoMFA-SE (q² = 0,586; r²test = 0,7994; r²ncv = 0,961; N = 0,4) y CoMSIA-SEHA (q² = 0,570; r²test = 0,7850; r²ncv = 0,963; N = 5). Adicionalmente, se realizaron simulaciones de dinámica molecular de 50 ns en solvente explícito y cálculos de energía de interacción para cuatro complejos ligando-receptor, con el objetivo de determinar modos de unión e identificar residuos clave mediante análisis de descomposición por residuos. Los resultados de dinámica molecular fueron consistentes con los obtenidos mediante modelos 3D-QSAR y docking molecular. Las energías de interacción calculadas mediante el método MMPBSA evidenciaron la importancia de las contribuciones electrostáticas, de van der Waals y no polares a la energía libre de unión. | es |
| dc.description.abstract | This study reports a combined molecular modeling investigation carried out on a series of 39 HDAC1 inhibitors derived from the compound CI-994. The 3D-QSAR models were validated by comparing two main alignment schemes: ligand-based (LB) and receptor-guided (RG), the latter assisted by X-ray crystallography. Receptor-guided alignment using molecular docking generated statistically satisfactory results for a CoMFA-SE model (q² = 0.560, r²test = 0.8059, r²ncv = 0.949, N = 4). This alignment was subsequently refined using X-ray diffraction data to construct models that yielded the following results: CoMFA-SE (q² = 0.586, r²test = 0.7994, r²ncv = 0.961, N = 0.4) and CoMSIA-SEHA (q² = 0.570, r²test = 0.7850, r²ncv = 0.963, N = 5). In addition, 50 ns molecular dynamics simulations in explicit solvent and interaction energy calculations were performed for four different ligand–receptor complexes to determine binding modes and identify key interacting residues through per-residue energy decomposition analysis. The molecular dynamics results were consistent with the findings obtained from the 3D-QSAR models and molecular docking studies. Interaction energies calculated using the MMPBSA method demonstrated the importance of electrostatic, van der Waals, and nonpolar contributions to the binding free energy. | en_US |
| dc.description.degree | Magíster en Ciencias de la Ingeniería Química | |
| dc.format.extent | 108 páginas | |
| dc.identifier.doi | 10.71959/7226-4990 | |
| dc.identifier.uri | https://cris.usm.cl/handle/123456789/4412 | |
| dc.identifier.uri | https://doi.org/10.71959/7226-4990 | |
| dc.language.iso | es | |
| dc.publisher | Universidad Técnica Federico Santa María | |
| dc.rights | Attribution 4.0 International | en |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | |
| dc.subject | HDAC1 | |
| dc.subject | HDACi | |
| dc.subject | 4-Acetamido-N-(2-aminofenil) benzamida | |
| dc.subject | epigenética | |
| dc.subject | cáncer | |
| dc.subject | modelado molecular | |
| dc.subject | Docking | |
| dc.subject | 3D-QSAR | |
| dc.subject | simulaciones MD | |
| dc.subject | MMPBSA | |
| dc.title | Estudio estructural y energético de la afinidad de unión de inhibidores tipo orto-Aminoanilida en complejo a la Metaloenzima HDAC1 mediante 3D-QSAR, Docking, Dinámica Molecular y cálculos MMPBSA. | |
| dc.type.driver | info:eu-repo/semantics/masterThesis | |
| dspace.entity.type | Tesis |
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